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クライアント名	特徴
acme4j	Java向けの標準的なACMEライブラリ。Javaコードから直接ACME操作を行い、証明書をKeyStoreにインポートするロジックを組めます。
Certbot	最も一般的なACMEクライアント。Java専用ではありませんが、--deploy-hook を使って取得した PEM を keytool で JKS に変換する自動化が一般的です。
KeyStore Explorer	GUIツール。ACMEプラグイン機能があり、GUI上で証明書を発行・更新してキーストアに保存できます。
Cert-Manager (Kubernetes)	JavaアプリをK8sで動かしている場合、JKS形式でSecretを作成する機能があり、アプリ側でそのまま読み込めます。

※Javaでの推奨フロー

Javaアプリケーション(Tomcat, Spring Bootなど)でJKS形式の証明書を自動更新したい場合、acme4j を使って自作するか、Certbot + keytool変換スクリプト を組むのが最も確実です。

注意近年のJava(Java 9以降)では、標準のキーストア形式として PKCS12 (.p12) が推奨されています。JKSに拘らず、PKCS12で運用する方が互換性が高くスムーズです。